params (warning: commas chnged to semicolons),CM file,fastaFile,sequence #,EMBL accession,is in RFAMSEQ,sequence description (warning: commas chnged to semicolons),is reversed?,hit #,start nuc,end nuc,score (bits),hit sequence,hit Id(s) in Rfam with same seq,hit ranges within the same EMBL id,new hitness (0=in Rfam; 1=overlaps hit in Rfam;2=entirely new),amount of overlap with Rfam,this hit in Rfam format
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,0,1281033,1281105,73.10,GGUCCUGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCCAGGUUCGACUCCUGGCAGGAUCG,AE013599/1281033-1281105 AE013599/1300000-1300072 AE013599/1308072-1308144 AE013599/1310152-1310224 AE013599/1317121-1317049 AE014297/3966779-3966707 AE014297/3966536-3966464 AE014297/3966285-3966213 AE014297/3966032-3965960 AE014297/3965760-3965688,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/1281033-1281105
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,1,1300000,1300072,73.10,GGUCCUGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCCAGGUUCGACUCCUGGCAGGAUCG,AE013599/1281033-1281105 AE013599/1300000-1300072 AE013599/1308072-1308144 AE013599/1310152-1310224 AE013599/1317121-1317049 AE014297/3966779-3966707 AE014297/3966536-3966464 AE014297/3966285-3966213 AE014297/3966032-3965960 AE014297/3965760-3965688,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/1300000-1300072
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,2,1300984,1301057,86.72,GCCUCCGUGGCGCAAUUGGUUAGCGCGUUCGGCUGUUAACCGAAAGGUUGGUGGUUCGAGUCCACCCGGGGGCG,AE013599/1300662-1300735 AE013599/1300984-1301057 AE013599/1328837-1328910 AE013599/19417631-19417704 AE013599/1328667-1328594 AE013599/1300561-1300488 AE013599/1291544-1291471 AE014297/3965343-3965270,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/1300984-1301057
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,3,1300662,1300735,86.72,GCCUCCGUGGCGCAAUUGGUUAGCGCGUUCGGCUGUUAACCGAAAGGUUGGUGGUUCGAGUCCACCCGGGGGCG,AE013599/1300662-1300735 AE013599/1300984-1301057 AE013599/1328837-1328910 AE013599/19417631-19417704 AE013599/1328667-1328594 AE013599/1300561-1300488 AE013599/1291544-1291471 AE014297/3965343-3965270,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/1300662-1300735
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,4,1304616,1304689,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/1304616-1304689
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,5,1304449,1304521,80.45,GCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUGAGACUCUUAAUCUCAGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGCG,AE013599/1304449-1304521 AE013599/14866304-14866376 AE013599/8600831-8600759 AE013599/2010107-2010035 AE013599/2009258-2009186 AE013599/2008712-2008640 AE013599/2007782-2007710 AE013599/1310033-1309961 AE013599/1303413-1303341 AE013599/1301218-1301146 AE013599/1281312-1281240 AE014296/3077233-3077305 AE014296/3077592-3077520,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/1304449-1304521
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,6,1308072,1308144,73.10,GGUCCUGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCCAGGUUCGACUCCUGGCAGGAUCG,AE013599/1281033-1281105 AE013599/1300000-1300072 AE013599/1308072-1308144 AE013599/1310152-1310224 AE013599/1317121-1317049 AE014297/3966779-3966707 AE014297/3966536-3966464 AE014297/3966285-3966213 AE014297/3966032-3965960 AE014297/3965760-3965688,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/1308072-1308144
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,7,1310152,1310224,73.10,GGUCCUGUGGCGCAAUGGAUAACGCGUCUGACUACGGAUCAGAAGAUUCCAGGUUCGACUCCUGGCAGGAUCG,AE013599/1281033-1281105 AE013599/1300000-1300072 AE013599/1308072-1308144 AE013599/1310152-1310224 AE013599/1317121-1317049 AE014297/3966779-3966707 AE014297/3966536-3966464 AE014297/3966285-3966213 AE014297/3966032-3965960 AE014297/3965760-3965688,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/1310152-1310224
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,8,1328837,1328910,86.72,GCCUCCGUGGCGCAAUUGGUUAGCGCGUUCGGCUGUUAACCGAAAGGUUGGUGGUUCGAGUCCACCCGGGGGCG,AE013599/1300662-1300735 AE013599/1300984-1301057 AE013599/1328837-1328910 AE013599/19417631-19417704 AE013599/1328667-1328594 AE013599/1300561-1300488 AE013599/1291544-1291471 AE014297/3965343-3965270,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/1328837-1328910
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,9,3219202,3219275,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/3219202-3219275
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,10,3743962,3744044,77.86,GUCAGGAUGGCCGAGUGGUCUAAGGCGCUGCGUUCAGGUCGCAGUCUACUCUGUAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUCUGACA,AE013599/3743962-3744044 AE014296/22760542-22760624 AE014296/8027000-8026918 AE014296/8024786-8024704 AE014296/8024435-8024353 AE014296/8019466-8019384 AE014296/8019243-8019161 AE014296/8019006-8018924,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,82,AE013599/3743962-3744044
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,11,4721857,4721928,66.22,AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACUCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUA,AE013599/4721857-4721928,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/4721857-4721928
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,12,6459063,6459134,76.05,GCCUCUUUAGCUCAGUGGCAGAGCACUGGUCUUGUAAACCAGGGGUCGUGAGUUCAAUCCUCACAGGAGGCA,AE013599/6459063-6459134 AE013599/6469409-6469480 AE013599/6470013-6469942 AE013599/6464551-6464480 AE014297/8148375-8148304,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/6459063-6459134
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,13,6469409,6469480,76.05,GCCUCUUUAGCUCAGUGGCAGAGCACUGGUCUUGUAAACCAGGGGUCGUGAGUUCAAUCCUCACAGGAGGCA,AE013599/6459063-6459134 AE013599/6469409-6469480 AE013599/6470013-6469942 AE013599/6464551-6464480 AE014297/8148375-8148304,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/6469409-6469480
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,14,6717362,6717434,79.41,GCCUCGGUGGCGCAGUUGGCAGCGCGUAAGUCUCAUAAUCUUAAGGUCGUGAGUUCGAGCCUCACCCGGGGCA,AE013599/6717362-6717434 AE013599/6725348-6725276 AE014296/16170910-16170982 AE014296/16298796-16298868 AE014297/2321834-2321762,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/6717362-6717434
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,15,7401446,7401517,37.56,GCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGGUUACCACACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCA,AE013599/7401446-7401517,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/7401446-7401517
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,16,7401131,7401202,67.13,GCCGUGAUCGUCUAGUGGUUAGGACCCCACGUUGUGGCCGUGGUAACCCAGGUUCGAAUCCUGGUCACGGCA,AE013599/7401131-7401202 AE013599/14570130-14570059 AE013599/7399779-7399708 AE013599/7399018-7398947 AE013599/7398710-7398639,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/7401131-7401202
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,17,8496807,8496880,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/8496807-8496880
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,18,8496491,8496564,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/8496491-8496564
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,19,8495999,8496072,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/8495999-8496072
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,20,8495698,8495771,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/8495698-8495771
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,21,8497382,8497508,72.66,GUCAGGAUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCCAGACUCAAGAUUGAAAAUCUUACUUUCUGAACGAAAGUGUUUGUGAAUGAGCGUUCUGGUCCUCUUUGAGGGCGUGGGUUCGAAUCCCACUUCUGACA,AE013599/8497382-8497508,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,126,AE013599/8497382-8497508
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,22,8502580,8502653,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/8502580-8502653
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,23,11283363,11283434,79.23,UCCCAUAUUGUCUAGUGGUUAGGAUAUCCGGCUCUCACCCGGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA,AE013599/11283363-11283434,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/11283363-11283434
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,24,11283777,11283848,80.25,UCCCAUAUGGUCUAGUGGCUAGGAUAUCUGGCUUUCACCCAGAAGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGUAUGGGAA,AE013599/11283777-11283848 AE013599/14791772-14791701 AE013599/14791251-14791180 AE013599/14789933-14789862 AE013599/14628664-14628593 AE013599/11283170-11283099,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/11283777-11283848
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,25,12031733,12031803,82.23,GCAUCGGUGGUUCAGUGGUAGAAUGCUCGCCUGCCACGCGGGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGAUGCA,AE013599/12031733-12031803 AE013599/15293193-15293263 AE013599/15296509-15296579 AE013599/16226400-16226470 AE013599/16204970-16204900 AE013599/13703516-13703446 AE014134/2033357-2033427 AE014134/7865080-7865150 AE014134/14500243-14500313 AE014134/14512768-14512698 AE014134/14500843-14500773 AE014134/14500529-14500459 AE014134/1939824-1939754,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,70,AE013599/12031733-12031803
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,26,12209025,12209106,71.46,GGUAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCUCCUCGGAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGCCA,AE013599/12209025-12209106 AE013599/13833851-13833932 AE013599/12207771-12207690 AE013599/10048134-10048053 AE014296/13237315-13237396,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,81,AE013599/12209025-12209106
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,27,12455940,12456011,74.16,GGGGAUGUAGCUCAGUGGUAGAGCGCUCGCUUUGCAUGUGAGAGGCCCCGGGUUCAAUCCCCGGCAUCUCCA,AE013599/12455940-12456011,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/12455940-12456011
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,28,12668496,12668568,82.96,GCCGAAAUAGCUCAGUUGGGAGAGCGUUAGACUGAAGAUCUAAAGGUCCCCGGUUCAAUCCCGGGUUUCGGCA,AE013599/12668496-12668568 AE013599/12668332-12668260 AE014134/8563119-8563191 AE014297/9623694-9623766 AE014297/12147143-12147215 AE014297/9624011-9623939 AE014298/6257350-6257422 AE014298/6484919-6484847,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/12668496-12668568
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,29,13703277,13703348,75.59,GACUCCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCCGACUCCAGAUCGGAAGGUUGCGUGUUCAAAUCACGUCGGGGUCA,AE013599/13703277-13703348 AE013599/16205070-16205141 AE013599/16224828-16224899 AE013599/16226293-16226222 AE013599/16204678-16204607 AE014134/4411617-4411546,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/13703277-13703348
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,30,13833851,13833932,71.46,GGUAGCGUGGCCGAGCGGUCUAAGGCGCUGGUUUAAGGCACCAGUCUCCUCGGAGGCGUGGGUUCGAAUCCCACCGCUGCCA,AE013599/12209025-12209106 AE013599/13833851-13833932 AE013599/12207771-12207690 AE013599/10048134-10048053 AE014296/13237315-13237396,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,81,AE013599/13833851-13833932
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,31,14478991,14479063,79.42,GUUUCCGUGGUGUAGCGGUUAUCACAUCUGCCUAACACGCAGAAGGCCCCCGGUUCGAUCCCGGGCGGAAACA,AE013599/14478565-14478637 AE013599/14478991-14479063 AE014296/13390616-13390688 AE014296/13391286-13391214,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/14478991-14479063
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,32,14478565,14478637,79.42,GUUUCCGUGGUGUAGCGGUUAUCACAUCUGCCUAACACGCAGAAGGCCCCCGGUUCGAUCCCGGGCGGAAACA,AE013599/14478565-14478637 AE013599/14478991-14479063 AE014296/13390616-13390688 AE014296/13391286-13391214,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/14478565-14478637
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,33,14478318,14478399,86.40,GCAGUCGUGGCCGAGUGGUUAAGGCGUCUGACUCGAAAUCAGAUUCCCUCUGGGAGCGUAGGUUCGAAUCCUACCGGCUGCG,AE013599/14478318-14478399 AE014298/13745704-13745785 AE014298/13746104-13746185 AE014298/13834104-13834023,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,81,AE013599/14478318-14478399
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,34,14779285,14779358,82.77,GGCCCAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUCGUGCUAAUAACGCGAAGGUCGCGGGUUCGAUCCCCUCAUGGGCCA,AE013599/1304616-1304689 AE013599/3219202-3219275 AE013599/8495698-8495771 AE013599/8495999-8496072 AE013599/8496491-8496564 AE013599/8496807-8496880 AE013599/8502580-8502653 AE013599/14779285-14779358 AE013599/8495069-8494996,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/14779285-14779358
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,35,14789625,14789696,70.80,AGCAGAGUGGCGCAGUGGAAGCGUGCUGGGCCCAUAACCCAGAGGUCCGAGGAUCGAAACCUUGCUCUGCUA,AE013599/14789625-14789696 AE013599/14789411-14789340 AE014296/14623224-14623295 AE014296/14622893-14622822 AE014296/724423-724352,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/14789625-14789696
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,36,14793002,14793073,45.41,UCCCAUAUUGUCUAGUGGUUAGGCUACCCGGCUCUCACCCGGGAGGCCCAGGUUCAGUUCCCUGUAUAGGAA,AE013599/14793002-14793073,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/14793002-14793073
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,37,14792607,14792678,77.88,UCCCAUAUUGUCUAGUGGUUAGGAUACCCGGCUCUCACCCGGGAGGCCCGGGUUCAAUUCCCGGUAUGGGAA,AE013599/14792607-14792678 AE013599/14791979-14791908 AE014296/22765074-22765003,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/14792607-14792678
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,38,14866304,14866376,80.45,GCCCGGCUAGCUCAGUCGGUAGAGCAUGAGACUCUUAAUCUCAGGGUCGUGGGUUCGAGCCCCACGUUGGGCG,AE013599/1304449-1304521 AE013599/14866304-14866376 AE013599/8600831-8600759 AE013599/2010107-2010035 AE013599/2009258-2009186 AE013599/2008712-2008640 AE013599/2007782-2007710 AE013599/1310033-1309961 AE013599/1303413-1303341 AE013599/1301218-1301146 AE013599/1281312-1281240 AE014296/3077233-3077305 AE014296/3077592-3077520,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/14866304-14866376
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,39,15064531,15064603,67.47,GCCCCAGUGGCCUAAUGGAUAAGGCAUCGGCCUCCUAAGCCGGGGAUUGUGGGUUCGAGUCCCAUCUGGGGUA,AE013599/15064531-15064603 AE013599/15064080-15064008 AE014134/6791960-6792032,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,72,AE013599/15064531-15064603
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,40,15293193,15293263,82.23,GCAUCGGUGGUUCAGUGGUAGAAUGCUCGCCUGCCACGCGGGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGAUGCA,AE013599/12031733-12031803 AE013599/15293193-15293263 AE013599/15296509-15296579 AE013599/16226400-16226470 AE013599/16204970-16204900 AE013599/13703516-13703446 AE014134/2033357-2033427 AE014134/7865080-7865150 AE014134/14500243-14500313 AE014134/14512768-14512698 AE014134/14500843-14500773 AE014134/14500529-14500459 AE014134/1939824-1939754,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,70,AE013599/15293193-15293263
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,41,15296509,15296579,82.23,GCAUCGGUGGUUCAGUGGUAGAAUGCUCGCCUGCCACGCGGGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGAUGCA,AE013599/12031733-12031803 AE013599/15293193-15293263 AE013599/15296509-15296579 AE013599/16226400-16226470 AE013599/16204970-16204900 AE013599/13703516-13703446 AE014134/2033357-2033427 AE014134/7865080-7865150 AE014134/14500243-14500313 AE014134/14512768-14512698 AE014134/14500843-14500773 AE014134/14500529-14500459 AE014134/1939824-1939754,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,70,AE013599/15296509-15296579
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,42,15721603,15721674,75.39,GACUCCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCUGACUCCAGAUCAGAAGGUUGCGUGUUCAAAUCACGUCGGGGUCA,AE013599/15721603-15721674 AE013599/15721887-15721816,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/15721603-15721674
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,43,16205070,16205141,75.59,GACUCCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCCGACUCCAGAUCGGAAGGUUGCGUGUUCAAAUCACGUCGGGGUCA,AE013599/13703277-13703348 AE013599/16205070-16205141 AE013599/16224828-16224899 AE013599/16226293-16226222 AE013599/16204678-16204607 AE014134/4411617-4411546,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/16205070-16205141
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,44,16224828,16224899,75.59,GACUCCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCCGACUCCAGAUCGGAAGGUUGCGUGUUCAAAUCACGUCGGGGUCA,AE013599/13703277-13703348 AE013599/16205070-16205141 AE013599/16224828-16224899 AE013599/16226293-16226222 AE013599/16204678-16204607 AE014134/4411617-4411546,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/16224828-16224899
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,45,16226400,16226470,82.23,GCAUCGGUGGUUCAGUGGUAGAAUGCUCGCCUGCCACGCGGGCGGCCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGAUGCA,AE013599/12031733-12031803 AE013599/15293193-15293263 AE013599/15296509-15296579 AE013599/16226400-16226470 AE013599/16204970-16204900 AE013599/13703516-13703446 AE014134/2033357-2033427 AE014134/7865080-7865150 AE014134/14500243-14500313 AE014134/14512768-14512698 AE014134/14500843-14500773 AE014134/14500529-14500459 AE014134/1939824-1939754,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,70,AE013599/16226400-16226470
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,46,18116149,18116230,76.80,GUUGCGGUGUCCGAGUGGUUAAGGAGAUGGACUUGAAAUCCAUUGGGUUCUACCCGCGCAGGUUCGAAUCCUGUCCGCAGCG,AE013599/18116149-18116230,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,81,AE013599/18116149-18116230
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,47,19417631,19417704,86.72,GCCUCCGUGGCGCAAUUGGUUAGCGCGUUCGGCUGUUAACCGAAAGGUUGGUGGUUCGAGUCCACCCGGGGGCG,AE013599/1300662-1300735 AE013599/1300984-1301057 AE013599/1328837-1328910 AE013599/19417631-19417704 AE013599/1328667-1328594 AE013599/1300561-1300488 AE013599/1291544-1291471 AE014297/3965343-3965270,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,73,AE013599/19417631-19417704
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,48,20119575,20119646,76.49,GGGGACGUAGCUCAGUGGUAGAGCGCUCGCUUCGCAUGUGAGAAGUCCCGGGUUCAAACCCCGGCGUCUCCA,AE013599/20119575-20119646 AE013599/20120335-20120406 AE013599/20120618-20120689,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/20119575-20119646
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,49,20120618,20120689,76.49,GGGGACGUAGCUCAGUGGUAGAGCGCUCGCUUCGCAUGUGAGAAGUCCCGGGUUCAAACCCCGGCGUCUCCA,AE013599/20119575-20119646 AE013599/20120335-20120406 AE013599/20120618-20120689,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/20120618-20120689
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,0,50,20120335,20120406,76.49,GGGGACGUAGCUCAGUGGUAGAGCGCUCGCUUCGCAUGUGAGAAGUCCCGGGUUCAAACCCCGGCGUCUCCA,AE013599/20119575-20119646 AE013599/20120335-20120406 AE013599/20120618-20120689,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/20120335-20120406
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,1,51,18115668,18115587,79.76,GCUGCGGUGUCCGAGUGGUUAAGGAGAUGGACUUGAAAUCCAUUGGGUUCUACCCGCACAGGUUCAAGUCCUGUCCGCAGCG,AE013599/18115668-18115587,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,81,AE013599/18115668-18115587
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,1,52,16892029,16891958,72.18,GCGUCGGUGGUGUAAUGGUCAGCAUAGUUGCCUUCCAAGCAGUUGAUCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGACGCA,AE013599/16892029-16891958 AE013599/16886719-16886648,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/16892029-16891958
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,1,53,16886719,16886648,72.18,GCGUCGGUGGUGUAAUGGUCAGCAUAGUUGCCUUCCAAGCAGUUGAUCCGGGUUCGAUUCCCGGCCGACGCA,AE013599/16892029-16891958 AE013599/16886719-16886648,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/16886719-16886648
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophila melanogaster chromosome 2R; complete sequence.,1,54,16226293,16226222,75.59,GACUCCGUGGCGCAACGGUAGCGCGUCCGACUCCAGAUCGGAAGGUUGCGUGUUCAAAUCACGUCGGGGUCA,AE013599/13703277-13703348 AE013599/16205070-16205141 AE013599/16224828-16224899 AE013599/16226293-16226222 AE013599/16204678-16204607 AE014134/4411617-4411546,1281033-1281105 1300000-1300072 1300662-1300735 1300984-1301057 1304449-1304521 1304616-1304689 1308072-1308144 1310152-1310224 1328837-1328910 3219202-3219275 3743962-3744044 4721857-4721928 6459063-6459134 6469409-6469480 6717362-6717434 7401131-7401202 7401446-7401517 8495698-8495771 8495999-8496072 8496491-8496564 8496807-8496880 8497382-8497508 8502580-8502653 11283363-11283434 11283777-11283848 12031733-12031803 12209025-12209106 12455940-12456011 12668496-12668568 13703277-13703348 13833851-13833932 14478318-14478399 14478565-14478637 14478991-14479063 14779285-14779358 14789625-14789696 14792607-14792678 14793002-14793073 14866304-14866376 15064531-15064603 15293193-15293263 15296509-15296579 15721603-15721674 16205070-16205141 16224828-16224899 16226400-16226470 18116149-18116230 19417631-19417704 20119575-20119646 20120335-20120406 20120618-20120689 18115668-18115587 16892029-16891958 16886719-16886648 16226293-16226222 16204970-16204900 16204678-16204607 15721887-15721816 15064080-15064008 14791979-14791908 14791772-14791701 14791251-14791180 14789933-14789862 14789411-14789340 14628664-14628593 14570130-14570059 13703516-13703446 12668332-12668260 12455570-12455499 12207771-12207690 11283170-11283099 11271431-11271360 10048134-10048053 8600831-8600759 8495529-8495409 8495069-8494996 7399779-7399708 7399018-7398947 7398710-7398639 6725348-6725276 6717152-6717080 6470013-6469942 6464551-6464480 6422360-6422275 2131735-2131662 2130945-2130872 2010107-2010035 2009258-2009186 2008712-2008640 2007782-2007710 1328667-1328594 1317121-1317049 1310033-1309961 1303413-1303341 1301218-1301146 1300561-1300488 1291544-1291471 1281312-1281240,0,71,AE013599/16226293-16226222
./cmzasha --no-stderr --no-insert-hack --filter 250 20 data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm /projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta 1 specfile data/TRNA2-euk.filterspec ,data/tRNAscan/tRNAscan-TRNA2-euk.cm (global),/projects/bio6/zasha/seqs/genomes/D_melanogaster/D_melanogaster.fasta,0,AE013599,0,emb|AE013599| Drosophil